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3308 禽源性病毒荧光定量PCR(Q-PCR)检查法

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  本法适用于禽源性生物制品的检测,包括流感全病毒灭活疫苗、流感病毒裂解疫苗种子批毒种的外源性禽病毒检测。本法用提取的供试品RNA逆转录成cDNA后,或用提取的供试品DNA,针对3种外源性禽病毒设计特异性引物探针,进行荧光定量PCR检测特异性扩增信号,从而测定供试品中外源性禽源病毒核酸序列,以检查供试品的外源性禽病毒污染。
  要求检测的3种禽源性病毒:
  (1)外源性禽腺病毒Ⅰ型(DNA病毒);
  (2)外源性禽腺病毒Ⅲ型(DNA病毒);
  (3)外源性禽白血病病毒(逆转录病毒)。
  试剂       (1)RNA/DNA提取试剂 RNA/DNA的提取可使用酚-氯仿(三氯甲烷)法、磁珠法、离心柱法等。提取试剂中应含裂解液、洗涤液、洗脱液等,按试剂说明书要求配制。
  (2)逆转录试剂含逆转录酶、RNA酶抑制剂、dNTP混合液、随机引物、逆转录反应缓冲液等,按试剂说明书要求配制。
  (3)引物序列、探针序列见下表。
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  (4)扩增缓冲液   每20μl反应体系中,含有上、下游引物各5pmol,探针2.5pmol及适量荧光定量PCR混合液(Mix)。
  (5)质粒标准品稀释液   为DNA稀释缓冲液或经无RNA酶水所稀释。
  (6)对照溶液    以失活后无感染性的禽源性病毒为阳性对照。以无RNA酶水作为阴性对照。提取核酸和逆转录步骤同'(1)RNA/DNA提取试剂”,置﹣70℃保存备用。
  (7)质粒标准品溶液及灵敏度对照的制备   选择病毒目的核酸序列,人工合成DNA,目的序列转入pMD 19-T质粒中,作为质粒标准品。测定质粒标准品的DNA核酸浓度后,对其进行10倍的倍比稀释,从109Copies/μl稀释至(7)100Copies/μl。
  取107~103Copies/μl质粒标准品溶液作标准曲线各点。101Copies/μl稀释度作为灵敏度对照。置冰浴备用。
  供试品制备 供试品用于核酸提取的模板量不少于0.2ml。
  检查法 (1)核酸提取及逆转录取供试品和阴性、阳性对照,各3个重复,按照DNA/RNA试剂盒的使用说明书提取DNA/RNA。
  按照逆转录试剂盒的使用说明书将RNA逆转录为cDNA。
  (2)荧光定量PCR扩增 取DNA或cDNA 5μl加至实时荧光定量PCR扩增缓冲液15μl中,反应总体积为20μl。各3个重复,混匀后,按下列条件进行扩增:50℃ 2分钟;95℃ 10分钟;95℃ 15秒;60℃ 1分钟......共40个循环。在60℃釆集信号。
  结果判定
  (1)灵敏度检查   分别检测101Copies/μl和100Copies/μl供试品,各10个重复。至少101Copies/μl灵敏度对照应全部检出(10/10),则灵敏度检查合格。
  (2)试验有效性   标准曲线相关系数(R2)应不低于0.990,阳性对照应为阳性,Ct值应≤32,并呈明显的扩增曲线;灵敏度对照应为阳性,Ct值应≤35;阴性对照应为阴性,Ct值>35,无明显的扩增曲线;则试验有效。
  (3)供试品结果判定 如果供试品的Ct值≤35,同时拷贝数≥10,且有明显的扩增曲线,则判定供试品外源性禽病毒为阳性。否则为阴性。供试品结果出现阳性时,需使用血清学方法仲裁。
  注意事项     (1)质粒标准品稀释时,用新吸头吸取上一个稀释度样本加至下一个稀释管中,涡旋混匀;然后用新吸头进行下一个稀释。
  (2)试验中所有吸头均需无菌,与供试品有关的操作建议使用带滤芯吸头。
  (3)注意实验分区,定期对各区进行消毒。
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